Военный учебно-научный центр военно-воздушных сил «Военно-воздушная академия имени профессора Н.Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина», создан в 2012 году в результате объединения Воронежского военного авиационно-инженерного университета (ВВАИУ) и Военно-воздушной академии имени профессора Н.Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина.

Воронежский военный авиационно-инженерный университет (ВВАИУ) ведёт свою историю с 1948 года, когда Генеральный штаб Вооружённых сил Союза Советских Социалистических Республик (СССР) принял решение об организации в городе Сталинграде (ныне город Волгоград) военного аэродромно-технического училища Военно-воздушных сил (ВВС) (занятия начались с 01 января 1950 года). В училище велась двухгодичная подготовка техников по строительству аэродромов, а также по эксплуатации и ремонту аэродромно-строительных машин, специального транспорта, автомобилей и тракторов. В 1951 год первый выпуск составил 157 человек. В 1954 году училище было переведено в город Мичуринск Тамбовской области и перешло на трёхгодичное обучение. В 1962 году в состав училища вошёл цикл метеорологической службы. В 1963 году училище было перебазировано в город Воронеж и стало именоваться Воронежским военным авиационно-техническим училищем (ВВАТУ).

В 1975 году было реорганизовано в Воронежское высшее военное авиационное инженерное училище (ВВВАИУ). В 1985 году училище готовило курсантов по 7 специальностям и специализациям с 4-летним и 5-летним обучением. В состав училища входили 2 факультета: метеорологии и строительства, и эксплуатации аэродромов, действовало 8 кафедр, 2 научно-исследовательские лаборатории, отделение заочного обучения. В 1988 году был образован автомобильный факультет (средств аэродромно-технического обеспечения полётов), кафедра строительства, машин, зданий и сооружений, и автомобильной подготовки. В 1989 году открыта адъюнктура. В 1992-1999 годах в качестве филиала Воронежского высшего военного авиационного инженерного училища (ВВВАИУ) работало расформированное Борисоглебское высшее военное училище лётчиков. В 1998 году Воронежское высшее военное авиационное инженерное училище (ВВВАИУ) было преобразовано в Воронежский военный авиационный инженерный институт, в 2004 году в Воронежское высшее военное авиационно-инженерное училище (институт). В 2006 году в состав Воронежского высшего военного авиационно-инженерного училища вошёл Военный институт радиоэлектроники (Воронеж). Численный состав объединенных училищ превысил 5000 человек.

С декабря 2007 году училище преобразовано в Воронежский военный авиационно-инженерный университет (ВВАИУ).

3 выпускника университета были удостоены звания Героя России: генерал-полковник С.И. Григоров (1997), капитан И.В. Яцков (2000), старший лейтенант В.А. Шибилкин (2001). В 2007 году университету вручено боевое знамя нового образца.

В декабре 2008 года к Воронежскому военному авиационно-инженерному университету (ВВАИУ) присоединены Иркутское высшее военное авиационное инженерное училище, Ставропольское высшее военное авиационное инженерное училище и Тамбовское высшее военное авиационное инженерное училище радиоэлектроники. В 2008 году функционировало 7 факультетов, готовивших офицеров по 16 специальностям.

В 2010 году в состав Воронежского военного авиационно-инженерного университета (ВВАИУ) вошёл Государственный научно-исследовательский испытательный центр радиоэлектронной борьбы и оценки эффективности снижения заметности. В университете в 2008 году было 30 кафедр, 7 факультетов, докторантура и адъюнктура. В составе педагогического персонала было 472 кандидатов наук и 56 докторов наук. В 2010 освящён храм святого Пантелеймона.

В 1950-2012 было подготовлено более 22 000 офицеров авиации тыла, метеослужбы Военно-воздушных сил (ВВС) и радиоэлектронной борьбы. В 2023 году в структуре университета 15 факультетов, около 80 кафедр, 9 диссертационных советов, кадетский корпус (инженерная школа), филиалы в городе Сызрань Самарской области и в городе Челябинске.

Начальник университета - генерал-полковник Г.В. Зибров (с 2001 года).

см.: P.M. Валиулин. Этапы славного пути. (Воронеж, 2004).
Этапы славного пути. 1950-2010. (Воронеж, 2009).
Военно-воздушная академия имени профессора Н.Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина. 1920-2020. Том 1-3 (Воронеж, 2020).