Государственные налоговые инспекции были образованы в 1990 году в составе Министерства финансов СССР. Воронежская областная государственная налоговая инспекция Министерства финансов РСФСР по Воронежской области возникла в июне 1990 года.

С 1991 года налоговые инспекции в Российской Федерации, в том числе в Воронежской области, получили статус самостоятельных государственных органов, подчинённых правительству и Президенту.

В 1999 году государственная налоговая инспекция по Воронежской области была преобразована в Управление Министерства по налогам и сборам Российской Федерации по Воронежской области. В 2006 году в структуре Управления действовали 11 межрайонных инспекций, 5 самостоятельных инспекций по районам города Воронежа и специализированная инспекция по работе с крупнейшими налогоплательщиками. Для работы с налогоплательщиками в отдаленных районах организовано 23 территориально-обособленных структурных подразделения. Кроме отраслевых отделов, занимающихся вопросами налогообложения, действуют отделы регистрации и учёта налогоплательщиков и контроля в сфере производства и оборота алкогольной и табачной продукции.

По состоянию на 01.04.2006 года в инспекциях Управление федеральной налоговой службы поставлено на учёт 1 823 905 налогоплательщиков, в том числе 51 343 юридических лиц и 1 772 562 физических лиц. При Управлении федеральной налоговой службы действует учебно-информационный центр, который проводит обучение налогоплательщиков по вопросам исчисления и уплаты всех видов налогов и правильности ведения налогового учёта. Издается журнал «Налоги».

Руководитель Управления федеральной налоговой службы с 2006 года С.С. Дуканов.