До XVIII века лекарственное дело в Воронежском крае находилось в руках народных лекарей, которые использовали главным образом целебные травы. В начале XVIII века в пригороде Воронежа, в саду на Чижовке, по указанию Петра I был создан один из первых в России «лекарственных огородов».

Впервые правительство решило организовать казенную «полевую» аптеку в Воронеже в 1736 году, переведя ее из Астрахани. Фактически перевод состоялся в 1738 году по указу царицы Анны Ивановны, после посылки в Воронеж аптекаря Волтерса по решению Медицинской канцелярии Сената.

Волтерсу было указано перевезти многие материалы и сразу же заготавливать лекарственные травы в Воронеже. Окончательное становление Аптечного дела в Воронежском крае как профессиональной сферы относится к концу XVIII века. Закон 1775 года дал право Приказам общественного призрения учреждать аптеки при губернских больницах. В 1780 году Приказ открыл аптеку в Воронеже в одном здании с приютом инвалидов. В 1860-е годы она перешла в ведение губернского земства, снабжала лекарствами Воронежские уезды и межуездные участки губернского земства.

В уездах объем деятельности земских аптек, находившихся в основном при больницах, был незначителен. Самостоятельный статус имели аптеки Бирюченского, Землянского, Нижнедевицкого, Павловского уездных земств. В 1888 году  Острогожское уездное земство организовало собственный аптечный склад. В целом аптечная сеть Воронежской губернии в конце XVIII - начала XX веков состояла преимущественно из частных аптек.

Первую «вольную» аптеку открыл в Воронеже в 1777 году (по другим данным в 1778 году) отставной штаб-лекарь А.И. Зегер. В начале 1790-х годов появилась аптека Ф.П. Кинцебаха, позднее перешедшая к К.А. Вернеру. В середине XIX века лучшими в Воронеже были аптеки выпускников Тартуского университета провизоров К.А. Вернера и Ю. Иогансона. К 1897 году в Воронеже наиболее крупными являлись аптеки Л.И. Мюфке (основана в 1867 году, более 35 000 рецептов в год), И.Л. Стоцкого (24 700 рецептов в год).

В Воронежской губернии успешно вели дела аптеки жены провизора Головина в Новохоперске (2 900 рецептов в год), аптекарского помещика Яковлева (6 400 рецептов в год) и провизора Зарембо (3 800 рецептов в год) в Острогожске, аптекарского помощника Усенко (1 800 рецептов в год) в слободе Бутурлиновка Бобровского уезда и другие.

Во 2-й половине XIX века число аптек Воронежской губернии с «вольной» продажей лекарств значительно возросло: если в 1865 году их было 13, то к 1914 году - 63:

• в Воронеже и его уездах - 11 (владельцы Товарищества «Л.И. Мюфке», М.З. Иппа, И.Б. Карачунский и другие),
• в Бирюченском уезде - 6 (Ф.А. Фендт, Конторович и Перельман и другие),
• в Бобровском уезде - 8 (М.А. Маевская, П.И Шехтер и другие),
• в Богучарском уезде - 6 (С.Л. Латвинский, И.Б. Шперлинг и другие),
• в Валуйском уезде - 4 (Л.И. Павлович, С.И. Раснер и другие),
• в Задонском уезде -1 (А.С. Воротынский),
• в Землянском уезде - 2 (уездное земство и Н.Д. Коврижкин),
• в Коротоякском уезде - 4 (А.М. Мрост, И.М. Фришман и другие),
• в Нижнедевицком уезде - 1 (уездное земство),
• в Новохоперском уезде -5 (А.Г. Головина, П.Я. Смоленский и другие),
• в Острогожском уезде - 8 (Л.К. Залковский, Виндзберг и другие),
• в Павловском уезде - 6 (уездное земство, Г.В. Припольцева и другие).

Надзор за аптеками принадлежал врачебному отделению губернского правления во главе со врачебным инспектором. Штаты аптек в уездах были невелики: 1-2 фармацевта и в редких случаях 1-2 ученика. Подготовка фармацевтических кадров осуществлялась путем аптекарского ученичества. В 1907 году в наиболее крупной аптеке Л.И. Мюфке работали 14 фармацевтов и 8 учеников.

В 1918 году все частные аптеки Воронежской губернии были национализированы и переданы в ведение Губздравотдела, на базе производства Товарищества «Л.И. Мюфке» открылась галеновая лаборатория.

В Гражданскую войну число аптек сократилось до 48, в годы НЭПа шло восстановление Аптекарского дела (в 1923 году - 1 969 аптек, в том числе 6 частных; 123 фармацевта, из них 59 в Воронеже). В 1922 году Аптекарское дело было переведено на хозрасчет.

Заметное развитие аптечной сети началось в 1-ю пятилетку (в 1928 году - 178 аптек, в 1933 году - 319). Увеличилась заготовка лекарственных растений, специализированный совхоз для их разведения был создан на базе бывшего имения Н.А. Клочкова (на территории современного Новоусманского района).

С 1935 года в Воронеже работал фармацевтический завод. С 1921 года действовала первая фармацевтическая школа, впоследствии реорганизованная в техникум. К 1940 году в Воронежской области насчитывалось 157 аптек. В 1944 году функционировали 131 аптека, 15 аптечных пунктов, 4 аптечных склада.

25.03.1943 года в Воронеже открылась галеновая лаборатория, в 1958 году реорганизованная в фармацевтическую фабрику и с 1972 года действующая в новом здании. В 1960 году фабрика производила лекарств на сумму 371 000 рублей, а в 1985 году с показателем 1 000 312 рублей она заняла 1-е место во Всероссийском соревновании фармацевтических предприятий.

В целом Аптекарское дело достигло довоенных показателей к конца 1950-х годов; в ходе долгосрочной программы развития аптечной службы в 1960-1980-е годы создан ряд новых аптек (только в Воронеже 27), сооружены новые здания районных аптек.

При Областном аптечном управлении функционировало Научное общество фармацевтов, которое занималось исследовательской работой и регулярно проводило научно-практические конференции.

С конца 1980-х - начало 1990-х годов появляются частные аптеки, реорганизуются государственные структуры. В 1988 году при Областном отделе здравоохранения организовано Производственное объединение «Фармация», преобразованное в 1993 году в областное объединение «Воронежфармация». На 01.01.2004 года в состав предприятия входило 4 аптечные базы, 93 аптеки, 134 аптечных пункта, 10 киосков, а также фармацевтическое производство (бывшая фармацевтическая фабрика). В 1999 году образовано, в 2001 году получило аккредитацию Министерства здравоохранения Российской Федерации государственное управление здравоохранения «Центр контроля качества и сертификации лекарственных средств». 

В 1994 году создана Воронежская городская аптечная палата, объединившая 15 муниципальных аптечных предприятий, в том числе 2 магазина «Оптика».

С 1998 года готовит специалистов фармацевтический факультет Воронежского государственного университета, с 2002 года - фармацевтический факультет Воронежской государственной медицинской академии.