Бюджетная система представляет собою совокупность бюджета Воронежской области, бюджетов муниципальных образований и территориальных государственных внебюджетных фондов, формирующих финансовую основу реализации функций и задач органов государственной власти и местного самоуправления.

Структура бюджетной системы соответствует административно-территориальному делению. В результате административных реформ 2000-х годов в Воронежской области создано 534 муниципальных образования: 31 муниципальный район, 3 городских округа (город Воронеж, город Борисоглебск, город Нововоронеж), 29 городских и 471 сельское поселение. Каждое территориальное образование имеет собственные бюджетные ресурсы.

Бюджетная система построена на основе принципа равенства бюджетных прав, но предполагает различия в уровнях полномочий: в соответствии с Бюджетным кодексом Российской Федерации субъект Федерации уполномочен, совершать правовые действия, определяющие объем и содержание доходных полномочий и расходных обязательств муниципальных образований. Бюджеты одного уровня (горизонта) в силу различий в уровнях развития территорий отличаются по критерию бюджетной обеспеченности и качеству бюджетных услуг населению. Преодоление горизонтальной несбалансированности бюджетной системы осуществляется средствами бюджетного регулирования в формах финансовой помощи: дотаций, субсидий, субвенций.

Состояние бюджетной системы области зависит от размера валового регионального продукта, уровня инвестиционной активности, системы налогообложения. Воронежская область заметно уступает ряду областей Центрально-Чернозёмного региона по показателю валового регионального продукта на душу населения, хотя превосходит их в общем объеме валового регионального продукта. Так же выглядит соотношение показателей общего и душевого объема инвестиций. Макроэкономические показатели сказались на объеме собственных бюджетных средств; уровень бюджетной обеспеченности Воронежской области составляет по отношению к среднему для Российской Федерации 67%.

В результате в консолидированном бюджете Воронежской области сравнительно высока доля финансовой помощи федерального бюджета. Администрацией Воронежской области и областной думой приняты программы реформирования региональных финансов. Перспективы развития бюджетной системы представлены в таблице.