Развитие торгово-пошлинных отношений вызвало появление таможни в городе Воронеже. Уставная грамота царя Михаила Фёдоровича «О выборе верного головы и десятерых целовальников для сбора на Воронеж кабацкого и таможенного дохода» датирована 25 июля 1642 года.

В правление Петра I на выезде из Воронежа была учреждена застава, где работали таможенники. Они осуществляли досмотр тех, кто въезжал или выезжал из города. Дальнейшее развитие торговой и промышленной деятельности Воронежского посадского населения стесняли внутренние таможни, ограничивавшие торговлю. В 1750-х годах внутренние таможни отменены, тогда же была ликвидирована и Воронежская таможня.

В 1987 году был создан Воронежский таможенный пост Московской Центральной таможни. Как самостоятельное учреждение Воронежская таможня возникла 09.10.1990 года.

Воронежская таможня входит в состав Центрального таможенного управления вместе с 28 таможнями других областей. Специфику деятельности Воронежской таможни определяют находящиеся в зоне её деятельности международный аэропорт, участок государственной границы с Украиной протяженностью 104 километра, в том числе Кантемировского таможенного поста - 96 километров, Россошанского таможенного поста - 8 километров, а также большое количество участников внешнеэкономической деятельности, которая контролируется на 7 таможенных постах (Правобережный, Левобережный, Северо-Восточный, Лискинский, Россошанский, Кантемировский, таможенный пост Аэропорт-Воронеж). В 39 подразделениях Воронежской таможни служат свыше 400 специалистов.

Основные товары, составляющие налогооблагаемую базу по импорту: сахар-сырец, сельскохозяйственная техника, технологическое оборудование, мебель. В 2007 году таможенными постами Воронежской таможни было пропущено 16 753 единицы автомобильного транспорта, 1 578 - воздушных, 93 - почтовых отправлений. На вывоз было оформлено 4 348 автотранспортных средств, на ввоз - 12 405. Стоимостные объемы товаров, оформленных в зоне деятельности Воронежской таможни за 2007 год, составили 1 862 800 000 долларов США, в том числе со странами дальнего зарубежья - 1 032 400 000долларов США (55% оборота в целом), со странами СНГ - 830 400 000 долларов США (45%). Объемы экспортных поставок, оформленных в зоне деятельности Воронежской таможни, в 2007 году составили 858 000 000 долларов США, в том числе: в страны дальнего зарубежья - 592 000 000 долларов США (69%), в страны СНГ - 266 000 000 долларов США (31%). Импортные поставки составили 1 005 000 000 долларов США, в том числе: из стран дальнего зарубежья - 441 000 000 долларов США (44%), из стран СНГ - 564 000 000 долларов США (56%).

Начальники таможни - полковник таможенной службы Д.Н. Зябухин (2005-2008), с 2008 года полковник таможенной службы В. Романовский.