Шишкин Прокофий Михайлович (? - после 1646 года), Воронежский дворянин 1-й половины XVII века.
В 1615-1635 году занимал пост осадного головы. Наряду с воеводами руководил подготовкой крепости Воронежа к отражению вражеских нападений. Заведовал артиллеристами и пушкарями. Выполнял обязанности по сбору налогов, отделению земель в поместья.
В 1646 году Шишкин являлся самым крупным владельцем крестьянских дворов в Воронежском уезде.